giftrans - GIF 画像の透過処理
giftrans で gif 形式の画像ファイルを透明化することができます。
% giftrans -t white [input_gif] > [output_gif]
[input_gif] ファイルの white 部分を透明にし、[output_gif] ファイルに保存 しています。
% giftrans -t #ffffff [input_gif] > [output_gif]
のように16進数表記での指定も可能です。
他にも gimp を使用するという手もあるかもしれません。